وكانت الجزيرة قد تمكنت من تغطية الانتخابات الرئاسية التي جرت عام 1999 تغطية شاملة، وسمح لها بتنصيب ستوديو داخل المركز واستقبال العديد من الشخصيات السياسية التي تنافست آنذاك في برامج حوارية وموائد مستديرة، وتابع طاقمهما عمليات التصويت في عدد من مراكز الاقتراع.

وكانت هذه هى المرة الوحيدة التى تغطى فيها الجزيرة الاقتراع الرئاسي منذ تولى الرئيس بوتفليقة الحكم قبل بروز حالة من التوتر بين القناة والسلطة في الجزائر التي لم يرق لها أداء القناة فيما يتصل بالشأن الجزائري.

يذكر أن وزارة الاتصال اعتمدت أكثر من 160 طلبًا لتغطية الانتخابات الرئاسية من دول عربية وأجنبية.